Versiunea completa a BizTalk Server 2006 nu este asteptata a fi lansata inainte de sfarsitul lunii martie a anului viitor, dar multe dintre noile sale functii vor fi continute in editia beta.

Acestea includ alerte de monitorizare a activitatii business care permit utilizatorilor business sa urmareasca masuratorile cheie ale performantei. Utilizatorii pot stabili alerte sub forma de e-mail, mesaje instant sau alte forme de comunicatie.
Versiunea beta permite, de asemenea, utilizatorilor sa testeze migratia de la BizTalk Server 2004 la versiunea 2006.